Juan Pablo Cárdenas

Investigador Principal y Profesor Asistente

Microbiome Genomics and Evolution Laboratory

Doctor en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, Chile

juan.cardenas@umayor.cl

Líneas de Investigación

  • Transferencia génica horizontal y adaptación de microorganismos de la microbiota intestinal

Microbiome Genomics and Evolution Laboratory

La microbiota intestinal se considera actualmente como un "órgano" adicional entre los seres vivos. Los microbios que viven dentro de nosotros han evolucionado junto con nosotros, generando un impacto en nuestra salud. ¿Cómo cambiaron estos organismos para colonizar al ser humano? ¿Cómo han cambiado una vez que se han convertido en parte de nuestros cuerpos? ¿Qué tipo de cambios han causado que algunos de estos organismos nativos se vuelvan relevantes para nuestra salud?

Hay varias estrategias para responder estas preguntas. Nuestra estrategia es analizar las propiedades de los genes y genomas de estos organismos y compararlos con sus parientes cercanos que habitan en otros ambientes o, en el caso del estudio del microbioma humano, con organismos que habitan en otros mamíferos. Nuestra hipótesis es que aquellos microbios que habitan en el cuerpo humano tuvieron que adquirir nuevas funciones mediante la transferencia horizontal de genes (HGT), mientras que perdieron muchos de sus genes originales asociados con los estilos de vida en otros nichos.

Para probar nuestra hipótesis, estamos analizando genomas a partir de aislados y MAG, buscando genes candidatos para HGT, y también buscando patrones de ganancia / pérdida de genes cuando esos genomas se comparan con sus parientes no microbióticos más cercanos.

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Biography

Juan Pablo Cárdenas (ORCID) tiene una licenciatura en Bioquímica de la Universidad de Santiago de Chile (USACH) y un doctorado. en Biotecnología por la Universidad Andrés Bello (UNAB, Chile). Con experiencia previa en nuevas empresas de biotecnología trabajando en el microbioma humano, JPCA comenzó en noviembre de 2019 su posición como profesor asistente en el Centro de Genómica y Bioinformática (CGB).

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Selected publications

Ortiz RL, Melis-Arcos F, Covarrubias PC, Ugalde JA, Apte ZS, Pérez-Donoso J, Cárdenas JP, Almonacid DE. Draft Genome Sequence of Blautia luti DSM 14534T, Isolated from Human Stool. Microbiol Resour Announc. 2020;9(19):e00088-20. doi: 10.1128/MRA.00088-20.

Bik EM, Bird SW, Bustamante JP, Leon LE, Nieto PA, Addae K, Alegría-Mera V, Bravo C, Bravo D, Cardenas JP, Carson GA, Caughey A, Covarrubias PC, Pérez-Donoso J, Gass G, Gupta SL, Harman K, Hongo DMB, Jiménez JC, Kraal L, Melis-Arcos F, Morales EH, Morton A, Navas CF, Nuñez H, Olivares E, Órdenes-Aenishanslins N, Ossandon FJ, Phan R, Pino R, Soto-Liebe K, Varas I, Vera-Wolf P, Walton NA, Almonacid DE, Goddard AD, Ugalde JA, Zneimer S, Richman J, Apte ZS. A novel sequencing-based vaginal health assay combining self-sampling, HPV detection and genotyping, STI detection, and vaginal microbiome analysis. PLoS One. 2019;14(5):e0215945. doi: 10.1371/journal.pone.0215945. eCollection 2019.

Gupta S, Palmer C, Bik EM, Cardenas JP, Nuñez H, Kraal L, Bird SW, Bowers J, Smith A, Walton NA, Goddard AD, Almonacid DE, Zneimer S, Richman J, Apte ZS. Self-Sampling for Human Papillomavirus Testing: Increased Cervical Cancer Screening Participation and Incorporation in International Screening Programs. Front Public Health. 2018; 6:77. doi: 10.3389/fpubh.2018.00077.

Almonacid DE, Kraal L, Ossandon FJ, Budovskaya YV, Cardenas JP, Bik EM, Goddard AD, Richman J, Apte ZS. 16S rRNA gene sequencing and healthy reference ranges for 28 clinically relevant microbial taxa from the human gut microbiome. PLoS One. 2017; 12:e0176555. doi: 10.1371/journal.pone.0176555.

Nuñez H, Moya-Beltrán A, Covarrubias PC, Issotta F, Cárdenas JP, González M, Atavales J, Acuña LG, Johnson DB, Quatrini R. Molecular Systematics of the Genus Acidithiobacillus: Insights into the Phylogenetic Structure and Diversification of the Taxon. Front Microbiol. 2017; 8:30. doi: 10.3389/fmicb.2017.00030.

Cardenas JP, Quatrini R, Holmes DS. Aerobic Lineage of the Oxidative Stress Response Protein Rubrerythrin Emerged in an Ancient Microaerobic, (Hyper)Thermophilic Environment. Front Microbiol. 2016; 7:1822. doi: 10.3389/fmicb.2016.01822.

Cardenas JP, Quatrini R, Holmes DS. Genomic and metagenomic challenges and opportunities for bioleaching: a mini-review. Res Microbiol. 2016; 167(7):529-538. doi: 10.1016/j.resmic.2016.06.007

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