José Miguel Álvarez

Investigador Principal y Profesor Asistente

Laboratorio de Regulación del Genoma Vegetal

Doctor en Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Católica de Chile

jose.alvarez@umayor.cl

Líneas de Investigación

  • Regulación de la transcripción en plantas
  • Biología de sistemas y genómica

Laboratorio de Regulación del Genoma Vegetal

En nuestro laboratorio investigamos los mecanismos que utilizan las plantas para responder a cambios en el ambiente, con particular interés en su adaptación a la sequía y a cambios en la disponibilidad de nutrientes. Parte importante de la adaptación de las plantas a estas señales ambientales es explicada por cambios en la estructura de la cromatina, regulación de la transcripción y cambios en la expresión de los genes. Para entender estos procesos de manera integral, utilizamos técnicas moleculares avanzadas que incluyen transcriptómica, inmunoprecipitación de cromatina acoplada a secuenciación (ChIP-seq), hipersensibilidad a la digestión con la DNAsa I (DNAse-seq), ensayo de accesibilidad de cromatina por integración de la transposasa (ATAC-seq), y herramientas bioinformáticas. Estas herramientas nos han permitido identificar mecanismos clave para la adaptación de las plantas a cambios en el ambiente.

Aplicamos estrategias genómicas y de biología de sistemas para enfrentar desafíos de sustentabilidad agrícola con énfasis en los efectos de la sequía, fenómeno que se predice se intensificará en años venideros como producto del cambio climático.

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Publicaciones seleccionadas

Transient genome-wide interactions of the master transcription factor NLP7 initiates a rapid nitrogen-response cascade. Alvarez, J.M., Schinke, A., Brooks, M.D., Pasquino, A., Leonelli, L., Varala, K., Safi A., Krouk, G., Krapp, A., Coruzzi, G.M. Nature Communications (2020). (11): 1157.

Nutrient dose-responsive transcriptome changes driven by Michaelis-Menten kinetics underlie plant growth rates. Swift, J.*, Alvarez, J.M.*, Araus, V., Gutiérrez, R.A., Coruzzi, G.M. *These authors contributed equally to this work. Proceedings of the National Academy of Sciences (2020). In press.

A balancing act: How nitrogen and drought signaling combine to regulate plant responses. Araus, V*., Swift, J.*, Alvarez., J.M.*, Henry., A., Coruzzi., G.M. *These authors contributed equally to this work. Journal of Experimental Botany (2020). doi: 10.1093/jxb/eraa054. [Epub ahead of print].

Local changes in chromatin accessibility and transcriptional networks underlying the nitrate response in Arabidopsis roots. Alvarez, J.M., Moyano, T.C., Zhang, T., Gras, D.E., Herrera, F.J., Araus, V., O’Brien, J., Carrillo, L., Medina, J., Vicente-Carbajosa, J., Jiang, J., Gutiérrez, R.A. Molecular Plant (2019). 12 (12): 1545-1560.

Systems approaches identify TGA1 and TGA4 transcription factors as important regulatory components of the nitrate response of Arabidopsis thaliana roots. Alvarez, J.M., Riveras, E., Vidal, E.A., Gras, D.E., Contreras-López, O., Tamayo, K.P., Aceituno, F., Gómez, I., Ruffel, S., Lejay, L., Jordana, X., and Gutiérrez, R.A. The Plant Journal (2014). 80: 1-13.

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