Jorge Valdés

Investigador Principal y Profesor Asociado

Biocomputing and Applied Genomics Laboratory

Doctor en Biotecnología, Universidad Andrés Bello, Chile.

jorge.valdes@umayor.cl

Líneas de Investigación

  • Systems Biotechnology
  • Applied Genetics
  • Comparative, Functional and Evolutionary Genomics
  • Bioinformatics and Computational Biology

Bio-Computing and Applied Genomics Laboratory

El foco de investigación del Laboratorio de Bioinformática y Genómica Aplicada es el estudio de la evolución del genoma y sus consecuencias fenotípicas en organismos de interés biotecnológico utilizando estrategias integrativas con un fuerte énfasis en la bioinformática y los herramientas de validación experimentales. El Laboratorio de Biocomputación y Genómica Aplicada desarrolla continuamente proyectos de investigación en las áreas de genómica de procariontes y eucariontes, identificación de biomarcadores, genética estadística aplicada, perfiles proteómicos y metabólicos en diferentes áreas de relevancia biotecnológica, incluyendo acuicultura, agricultura, bio-minería, entre otras. Las capacidades de investigación actuales también se han explotado para establecer nuevas relaciones con agencias ambientales y de salud, universidades nacionales e instituciones internacionales.

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Biografía

El Dr. Jorge Valdés es Profesor Asociado en la Universidad Mayor desde mayo de 2016. El Dr. Valdés ha recibido reconocimiento por su desempeño desde el comienzo de su carrera científica, incluyendo i) Beca Presidente de la República de Chile por desempeño académico sobresaliente (1997-2002); ii) Premio de investigación patrocinada por Microsoft (2005-2009); iii) Mejor presentación de póster, Diálogos mundiales sobre ciencia y tecnología emergentes (GDEST) y iv) Premio de la Sociedad Estadounidense de Microbiología para Viajes (2008). El Dr. Valdés ha recibido financiación independiente continua de varias fuentes nacionales e internacionales, incluido CORFO (Programa de Atracción de Centros de Excelencia para InnovaChile-2011-2016); FONDECYT; Millennium Science Initiative (investigador asociado); FONDEF; Programa conjunto CONICYT-BMBF y varios proyectos intramuros. El Dr. Valdés es miembro fundador de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática, miembro de la Sociedad Chilena de Microbiología y de la Sociedad Americana de Microbiología (ASM). También es miembro del consejo de calificación de la Facultad de Ciencias de la Universidad Mayor, miembro del panel de revisión de Fronteras en Bioinformática y Biología Computacional y revisor ad hoc para revistas como Canadian Journal of Microbiology, Research in Microbiology, Folia Microbiologica, BMC Genomics, entre otros. El Dr. Valdés es miembro del Consejo Académico de Doctorado del programa de doctorado en Genómica Integrativa de la Universidad Mayor (acreditado ante la CNA), ha dirigido 3 tesis doctorales, 2 de maestría y 7 de pregrado. El Dr. Valdés fue director de la División de Biocomputación y Genética Aplicada de la Fundación de Investigación Fraunhofer Chile de 2011 a 2016, donde estuvo a cargo de liderar un grupo de 12 investigadores, incluidos 2 postdocs, profesionales de la biología, ciencias de la computación, ingeniería informática, y bioinformática. Hasta la fecha, el Dr. Valdés ha publicado 31 artículos en revistas con un comité editorial.

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Publicaciones seleccionadas

Pérez-Stuardo D, Morales-Reyes J, Tapia S, Ahumada DE, Espinoza A, Soto-Herrera V, Brianson B, Ibaceta V, Sandino A, Spencer E, Vallejos-Vidal V, Reyes-López FE, Valdes J, Reyes-Cerpa S (2019). Non-lysosomal activation in macrophages of Atlantic salmon (Salmo salar) after infection with Piscirickettsia salmonis. Frontiers in Immunology. In press.

Angela D. Millar, Paz Tapia, Fernando A. Gómez, Sergio H. Marshall, Derie E. Fuentes and Jorge H. Valdes* (2018). Draft genomes and reference transcriptomes extend the coding potential of the fish pathogen Piscirickettsia salmonis. Electronic Journal of Biotechnology j.ejbt.2018.04.002. doi:10.1016/

Strahsburger E, Zapata F, Pedroso I, Fuentes D, Tapia P, Ponce R, Valdes J* (2017). Draft genome sequence of Exiguobacterium aurantiacum strain PN47 isolate from saline ponds, known as "Salar del Huasco", located in the Altiplano in the North of Chile. Braz J Microbiol 8382(16),31104-2.

González, C., Lazcano, M., Valdés, J.* and Holmes D.S.*. 2016, Bioinformatic analyses of unique (orphan) core genes of the genus Acidithiobacillus: functional inferences and use as molecular probes for genomic and metagenomic/transcriptomic interrogation. Front. Microbiol 27;7:2035. *Both corresponding authors.

Rodríguez-Rojas, F., Tapia, P., Castro-Nallar, E., Undabarrena, A., Muñoz-Díaz, P., Arenas-Salinas, M., Díaz-Vásquez, W., Valdés, J., Vásquez, C., (2016), Draft Genome Sequence of a Multi-Metal Resistant Bacterium Pseudomonas putida ATH-43 Isolated from Greenwich Island, Antarctica. Front Microbiol 8;7:1777.

Montes, C., Altimira, F., Canchignia, H., Castro, Á., Sánchez, E., Miccono, M., Tapia, E., Sequeida, Á., Valdés, J., Tapia, P., González, C., Prieto, H*. (2016), A draft genome sequence of Pseudomonas veronii R4: a grapevine (Vitis vinifera L.) root-associated strain with high biocontrol potential. Stand Genomic Sci. 11:76. Publicado, ISSN: 1944-3277. IF: 1,594

Liljeqvist M, Ossandon FJ, Gonzalez C, Rajan S, Stell A, Valdes J, Holmes DS, Dopson M*. (2015). Metagenomic analysis reveals adaptations to a cold adapted lifestyle in a low temperature acid mine drainage stream. FEMS Microbiol Ecol. 91(4).

González C, Yanquepe M, Cardenas JP, Valdes J, Quatrini R, Holmes DS, Dopson M* (2014). Genetic variability of psychrotolerant Acidithiobacillus ferrivorans revealed by (meta)genomic analysis. Res Microbiol 165(9), 726-34.

Valdés J*, Tapia P, Cepeda V, Varela J, Godoy L, Cubillos F, Silva E, Martinez C, Ganga MA*. (2014). Draft genome sequence and transcriptome analysis of the wine spoilage yeast Dekkera bruxellensis lamap2480 provides insights into genetic diversity, metabolism and survival. FEMS Microbiol Lett 361(2), 104-6.* Both corresponding authors.

Acuña LG, Cárdenas JP, Covarrubias PC, Haristoy JJ, Flores R, Nuñez H, Riadi G, Shmaryahu A, Valdés J, Dopson M, Rawlings DE, Banfield JF, Holmes DS, Quatrini R*. (2013). Architecture and gene repertoire of the flexible genome of the extreme acidophile Acidithiobacillus caldus. PLoS One 8;8(11):e78237.

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