Alberto J.M. Martín

Investigador Principal y Profesor Asistente

Laboratorio de Biología de Redes

Doctor en Ciencias de la Computación, University College Dublin, Irlanda.

alberto.martin@umayor.cl

Líneas de Investigación

  • Development and application of computational methods for the inference, analysis and simulation of biological networks.

Network Biology Laboratory

El grupo se centra en el desarrollo de métodos computacionales para la representación de datos biológicos en forma de redes, el análisis de dichas redes y la generación automática de nuevo conocimiento a partir de ellas. El Laboratorio de Biología de Redes sigue varias líneas de investigación, entre ellas las más relevantes son la determinación de la regulación genética en diversas condiciones a partir de la integración de distintos tipos de datos "ómicos", la anotación funcional de secuencias biológicas y la representación de cualquier tipo de datos biológicos como una red. Para llevar a cabo estas líneas de investigación, empleamos algoritmos de aprendizaje automático, clustering y optimización, ademas de integrar distintas herramientas existentes para producir protocolos que generan redes de sistemas biológicos relevantes de forma automatizada.

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Biografía

Alberto J. Martin es parte del Centro de Genomica and Bioinformatica y profesor asistente de la Universidad Mayor desde 2017. Alberto se licenció en Biología en la Universidad Autónoma de Madrid, España (2003), recibió un Ms.C en Bioinformatica y Biología Computacional en la Universidad Complutense de Madrid, España (2005) se doctoró en Ciencias de la computación en el University College Dublin, Irlanda (2010). Alberto tuvo un primer puesto de postdoc en el Departamento de Biología de la Universidad de Padua, Italia (2010-2013) para despues venir a Chile donde trabajo en el laboratorio de Biología Computacional de la Fundación Ciencia &Vida por casi cuatro años.

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Publicaciones seleccionadas

N.Santander, C. Lizama, L. Murgas, S. Contreras, A.J.M. Martin, P. Molina, A. Quiroz, K. Rivera, F. Salas-Pérez, A. Godoy, A. Rigotti and D. Busso * “Transcriptional profiling of embryos lacking the lipoprotein receptor SR-B1 reveals a regulatory circuit governing a neurodevelopmental or metabolic decision during neural tube closure”. BMC Genomics 19:731, 2018.
A.J.M. Martin*, S. Contreras-Riquelme, C. Dominguez, T. Perez-Acle ,“LoTo: A Graphlet based method for the comparison of local topology between gene regulatory networks”. PeerJ 5:e3052, 2017.
A.A. Vargas, B.A. Cisterna, F. Saavedra-Leiva, C. Urrutia, L.A. Cea, A. Vielma, S.E. Gutierrez-Maldonado, A.J.M. Martin, C. Pareja-Barrueto, Y. Escalona, O. Schmachtenberg, C.F. Lagos, T. Perez-Acle, J.C. Saez*. “On Biophysical Properties and Sensitivity to Gap Junction Blockers of Connexin 39 Hemichannels Expressed in HeLa Cells”. Frontiers in Physiology, 8:38, 2017.
A.J.M. Martin*, C. Dominguez, S. Contreras-Riquelme, D.S. Holmes and T. Perez-Acle*. “Graphlet Based Metrics for the Comparison of Gene Regulatory Networks” PLoS-ONE 11(10): e0163497, 2016.
S.Bhakat, S. Chetty A.J.M. Martin and M.E.S. Soliman*. “Multi-drug resistance profile of PR20 HIV-1 protease is attributed to distorted conformational and drug binding landscape: molecular dynamics insights” Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 34(1):135-51, 2016.
S.Bhakat, A.J.M. Martin and M.E.S. Soliman*. “An integrated molecular dynamics, principal component analysis and residue interaction network approach reveals the impact of M184V mutation on HIV reverse transcriptase resistance to lamivudine”. Mol. BioSyst., 10(8):2215-28, 2014.
M.Giollo, A.J.M. Martin, I. Walsh, C. Ferrari and S.C.E. Tosatto*. “NeEMO: A Method Using Residue Interaction Networks to Improve Prediction of Protein Stability upon Mutation”. BMC Genomics, 15(Suppl 4):S7, 2014.
A.J.M. Martin, I. Walsh, T. Di Domenico, I. Micetic and S.C.E. Tosatto*. “PANADA: Protein Association Network Annotation, Determination and Analysis” PLoS One, 8(11): e78383, 2013.

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